修改实施后，疫苗生产企业无法利用原有渠道(药品经营企业)开展第二类疫苗推广，第二类疫苗配送网络不完善导致部分地区尤其是边远地区疫苗供应不到位，绝大多数省份尚未核定疫苗储存运输和接种服务费的收费标准，接种单位开展第二类疫苗宣传推广及接种服务的积极性受到影响等。为解决这些问题，《意见》提出要建立国家免疫规划疫苗调整机制，逐步推动将安全、有效、财政可负担的第二类疫苗纳入国家免疫规划，使群众享受到更加优质的接种服务。
《意见》还提出，各地区要加强疑似预防接种异常反应监测和报告工作，提高预防接种异常反应调查诊断及鉴定水平，逐步建立包括基础保险、补充保险在内的多层次保险补偿体系，提高预防接种异常反应补偿效率。同时，要建立健全疫苗冷链配送管理体系，采取“干线运输+区域仓储+区域配送”的分段接力方式配送疫苗，降低配送成本。
